Si un programme d’affiliation présente de nombreux avantages potentiels, la technique marketing peut également présenter quelques risques et limites.

Des coûts de gestion à ne pas minimiser
D’après Jupiter Communication 15 % des affiliés amèneraient 85 % du CA du à un programme. Ceci signifie donc qu’un grand nombre d’affiliés ne procurent qu’un volume d’affaire négligeable. Le site mettant en place un programme doit donc veiller à ce que le coût de gestion (recrutement, support, facturation, animation) de ces affiliés ne dépasse pas ce qu’ils amènent sous forme de marge, visites ou notoriété à l’entreprise. Pour limiter ce risque, certains sites se montrent sélectifs dans leur recrutement et quasiment tous instaurent un seuil minimum pour le déclenchement du versement des commissions.

La nécessité d’une politique d’animation
Pour générer les effets attendus, un programme d’affiliation doit être régulièrement animé. Les moyens nécessaires à cette animation, notamment humains, doivent donc être intégrés dans le projet d’affiliation et dans les prévisions de rentabilité.

Une instabilité des affiliés
L’investissement d’adhésion étant relativement faible, le site marchand court le risque de voir ses affiliés adhérer au programme d’un concurrent si les conditions proposées sont meilleures. Ce risque d’attrition des affiliés se traduit généralement par un changement d’assiette ou une hausse des commissions versées aux membres lorsque des programmes concurrents apparaissent. Amazon a ainsi notablement revu son programme lorsque ses concurrents ont commencé également à utiliser l’affiliation.

Les risques de cannibalisation
Le risque de cannibalisation consiste à rémunérer par le biais de l’affiliation des transactions ou des visites qui se seraient de toutes façons effectuées même sans la présence du programme. Dans certains cas et pour limiter ce risque, de nombreux marchands interdisent par exemple à leurs affiliés d’acheter des mots clés relatifs à leur marque ou à leur offre sur les moteurs de recherche.
Un autre phénomène de cannibalisation a trait à certains grands "consommateurs" de livres ou de disques qui adhèrent à un programme uniquement pour bénéficier de la commission sur leurs propres commandes. Cette pratique n’est pas forcément nuisible à l’affilieur et peut être autorisée, mais elle doit être envisagée dès le départ du programme.

Des risques d’image
Les sites affilieurs procèdent généralement à une validation rigoureuse des candidatures des affiliés. Cependant, certains sites affiliés peuvent passer à travers les mailles du filet ou changer leur contenu après adhésion. L’affilieur risque alors de voir ses logos affichés sur des sites pouvant porter préjudice à son image.

Un contrôle difficile des partenaires
Même si le contrat est explicite et rigoureux, le contrôle des sites partenaires est difficile à réaliser. Ce contrôle sera d’autant plus difficile que le programme comptera un grand nombre de partenaires. Les risques de dérapage sont nombreux, car les sites partenaires n’ont pas la responsabilité contractuelle de la vente et peuvent être tentés d’utiliser des moyens douteux de présentation des produits pour augmenter leurs commissions. Les conditions d’utilisation du nom et des symboles graphiques du site marchand peuvent également poser problème. Des clients trompés ou déçus risquent alors de se retourner contre le site marchand.

Certains affiliés peuvent être également tentés d’utiliser le spam pour promouvoir à grande échelle les offres des affilieurs.

Les risques de fraudes
Dès qu’une action rémunératrice est proposée sur le réseau, le responsable marketing peut être sûr que des internautes, voire des hackers vont tenter de détourner le principe de rémunération à leur profit. L’affiliation ne fait pas exception à la règle. Les risques de fraudes technologiques sont particulièrement présents dans les programmes rémunérant à la visite, ils doivent être pris en compte dans la conception du contrat et dans l’outil de reporting du programme.