L’intégration consiste à utiliser des liens, visuels ou modules qui viennent parfaitement s’intégrer dans le site affilié et qui peuvent même parfois permettre d’obtenir l’action recherchée sans avoir visuellement l’impression de quitter le site affilié. L’intégration permet de sortir des emplacements et formats publicitaires habituels et éventuellement de profiter encore plus de la confiance accordée à l’affilié par ses visiteurs (effet de caution). Ce dernier effet est surtout recherché lorsque l’affilieur ne bénéficie pas d’une forte notoriété.

L’intégration peut se traduire par l’utilisation de modules d’inscription, d’abonnement ou de demande d’information qui sont, au moins visuellement, directement intégrés ou "délocalisés" sur le site de l’affilié. Lorsque l’action recherchée est un achat, un espace marchand peut être intégré sur le site de l’affilié ou crée à l’image de l’affilié chez l’affilieur.

Dans l’exemple ci-dessous, l’espace "logos, soneries" de Jeuxvideo.com est en fait hébergé chez l’affilieur / partenaire.